Fakultnú nemocnicu s poliklinikou v Žiline vedie od 1. mája Rada riaditeľov. Ide o kolektívny riadiaci orgán s presne určenými kompetenciami a vzťahom k dozornému orgánu a zriaďovateľovi.
Radu riaditeľov tvoria generálny riaditeľ – Ing. Igor Stalmašek, ekonomický – Ing. Milan Kurčík a medicínsky – MUDr. Ivan Mačuga.
V nemocnici pôsobí i Dozorný orgán, ktorý má päť členov. Jeho funkciou je kontrola činnosti nemocnice. Členov orgánu vymenúva a odvoláva zriaďovateľ.